Me huele a que tengas algún estriado dañado en la caja de cambios, y no haga correctamente la función de sincronizado. Si es este el caso, te tocaría abrir caja y reparar.
Respecto al kilometraje del problema... aunque sean pocos kilómetros, nadie está a salvo. Dependerá del uso dado al vehículo. Mucha ciudad obliga a usar mucho más el cambio de marchas. No pisar bien embrague, meter muy rápido la marcha, o soltar demasiado pronto el embrague, puede provocar (por acumulación) excesivo desgaste de algún componente. No digo que sea lo que te ocurre, y no digo que seas mal conductor, pero nuestra forma de conducir influye en las mecánicas.