A mi me pasaba lo mismo en mi V40 2.0T del 2001.
Lo solucione haciendo 4 agujeros en la base del maletero con un taladro para que drenara y además evité la entrada de agua pegando sobre la goma del porton otra procedente del desguace.
De momento va bién, pero sigo mirando cuando llueve mucho, espero que os sirva.